부동산을 팔 때 세금을 가르는 항목 중 가장 금액이 큰 것이 장기보유특별공제입니다. 최대치를 받으면 양도차익의 80%가 과세 대상에서 빠집니다.

어디에 끼어드나

양도소득세 계산 순서에서 위치를 보면 이렇습니다.

양도차익 = 양도가액 − 취득가액 − 필요경비
양도소득금액 = 양도차익 − 장기보유특별공제      ← 여기
과세표준 = 양도소득금액 − 기본공제(연 250만 원)
산출세액 = 과세표준 × 세율

세율을 곱하기 전에 양도차익 자체를 깎아내는 자리입니다. 그래서 공제율 몇 %p 차이가 세금에서는 훨씬 크게 벌어집니다.

공제율은 두 갈래입니다

일반 — 보유기간만 봅니다

3년 이상 보유한 토지와 건물이 대상입니다. 보유 1년마다 2%씩, 15년이면 최대 30%입니다.

1세대 1주택 — 거주기간까지 봅니다

1세대 1주택자는 훨씬 후하게 계산합니다. **보유 연 4%(최대 40%)에 거주 연 4%(최대 40%)를 더해 최대 80%**입니다.

다만 문턱이 있습니다. 3년 이상 보유하고 2년 이상 거주해야 이 우대 공제율을 씁니다.

같은 10년을 가지고 있어도 실제로 살았느냐에 따라 공제가 크게 갈립니다.

1세대 1주택이면 세금이 없는 것 아닌가요

자주 나오는 질문입니다. 1세대 1주택은 양도가액 12억 원까지 비과세입니다(2년 이상 보유, 조정대상지역에서 취득했다면 2년 이상 거주 등 요건 충족 시).

그래서 12억 원 이하로 파는 1주택자에게는 장기보유특별공제가 의미가 없습니다. 낼 세금 자체가 없기 때문입니다.

이 공제가 실제로 돈을 좌우하는 사람은 두 부류입니다.

• 12억 원을 넘겨 파는 1주택자 — 12억 초과분에 대응하는 양도차익에만 과세되고, 거기에 공제율이 붙습니다
• 다주택자 — 양도차익 전체에 일반 공제율이 적용됩니다

적용되지 않는 경우도 있습니다

보유기간을 채워도 공제를 못 받는 자산이 있습니다. 대표적으로 조정대상지역에서 다주택자가 중과세율을 적용받는 주택은 장기보유특별공제가 배제됩니다. 중과를 한시적으로 완화하는 기간에도 이 배제는 그대로 유지됩니다.

2026년 세제개편안에서 이름까지 바뀝니다

이 제도는 2026년 세제개편안에서 가장 크게 손질되는 항목 중 하나입니다. 이름부터 바뀝니다. 주택은 장기거주소득공제로, 주택 외는 장기보유소득공제로 갈라집니다.

보유는 더 이상 공제 근거가 아닙니다. 2029년부터는 아무리 오래 가지고 있었어도 거주하지 않았다면 이 공제를 받지 못합니다. 2027년은 현행과 같고, 2028년이 중간 단계입니다.

거주하지 못한 기간을 인정받는 예외(전근, 취학, 질병, 부모봉양 등)와 정부가 내놓은 계산 사례는 장기보유특별공제가 거주공제로 바뀝니다에서 자세히 정리했습니다.

정리

• 장기보유특별공제는 양도차익에서 일정 비율을 빼주는 제도입니다
• 일반은 보유 연 2%(최대 30%), **1세대 1주택은 보유 4% + 거주 4%(최대 80%)**입니다
• 1주택 우대를 받으려면 3년 보유 + 2년 거주가 기본 요건입니다
• 12억 원 이하로 파는 1주택자에게는 의미가 없습니다. 비과세라 낼 세금이 없기 때문입니다
• 2026년 개편안에서 보유공제가 거주공제로 바뀌고 한도가 생깁니다

참고 자료

• 국세청 — 양도소득세 장기보유특별공제율 — 현행 공제율표
• 국가법령정보센터 — 소득세법 제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액) — 현행 조문
• 재정경제부 — 「2026년 세제개편안」 발표 (2026.8.3.) — 개편 내용은 첨부 문답자료 p.36~38 기준

이 글은 제도를 설명하는 교육용 글입니다. 2027년 이후 내용은 국회 통과 전 정부안 기준이며 바뀔 수 있습니다. 실제 공제율과 세액은 취득 시기·보유 형태·지역에 따라 달라지므로, 양도 전에 세무 전문가나 국세청 상담(126)을 통해 확인하세요. (본문 기준일: 2026년 9월 4일)