2026년 세제개편안에서 종합부동산세가 헤드라인을 가져갔지만, 집을 팔 계획이 있는 사람에게 실제로 더 크게 작용하는 건 양도소득세 장기보유특별공제 개편입니다. 제도의 이름까지 바뀝니다.

• 주택: 장기보유특별공제 → 장기거주소득공제
• 주택 외(토지·상가 등): 장기보유특별공제 → 장기보유소득공제

이름이 답을 말해줍니다. 주택은 이제 ’얼마나 오래 가졌나’가 아니라 ’얼마나 오래 살았나’로 공제받습니다.

세제개편안 전체 그림은 2026 세제개편안, 내 세금은 어떻게 바뀌나 — 한눈에 정리에서 먼저 정리했습니다. 제도 자체가 처음이라면 장기보유특별공제 — 오래 가진 만큼 양도세를 깎아주는 제도를 먼저 읽어보세요.

먼저, 이 글이 내 얘기인지 확인하세요

1세대 1주택 비과세 요건(2년 이상 보유, 조정대상지역에서 취득했다면 2년 이상 거주)을 갖춘 집은 양도가액 12억 원까지 세금이 없습니다. 이 비과세는 이번 개편에서 손대지 않았습니다.

그래서 12억 원 이하에 파는 1주택자라면 장기보유특별공제가 몇 퍼센트든 낼 세금이 없습니다. 이 글은 대체로 남의 이야기입니다.

장기보유특별공제가 실제로 세금을 좌우하는 사람은 이렇습니다.

• 양도가액 12억 원을 넘는 1주택자 — 12억 초과분에 대해 과세되고, 여기에 공제율이 붙습니다
• 다주택자 — 양도차익 전체에 공제율이 적용됩니다

’12억 초과분에만 과세한다’는 건 이런 뜻입니다. 32억 원에 팔아 양도차익이 20억 원이라면, 과세 대상은 20억 원 전부가 아니라 20억 × (32억 − 12억) ÷ 32억 = 12.5억 원입니다. 공제율은 이 12.5억 원에 곱합니다. 아래 사례 ①의 공제액이 여기서 나옵니다.

바뀌는 것은 두 가지입니다

이 둘은 서로 다른 사람을 때립니다. 하나씩 봐야 합니다.

변화 1 — 보유공제가 사라지고 거주공제로 합쳐집니다

최대 공제율 80%는 그대로입니다. 문제는 그 80%에 도달하는 방법이 달라진다는 점입니다.

• 10년 보유 + 10년 거주 → 현행 40+40 = 80%, 개정 80%. 차이 없음
• 10년 보유 + 2년 거주 → 현행 40+8 = 48%, 개정 16%

즉 오래 갖고는 있었지만 실제로는 살지 않은 집이 직격탄을 맞습니다. 전세를 놓고 다른 곳에 살았거나, 갈아타면서 이전 집을 임대로 돌린 경우가 여기 해당합니다.

변화 2 — 없던 공제 한도가 생깁니다

지금은 공제율만 곱하면 끝이고 한도가 없습니다. 여기에 상한이 붙습니다.

• 2028년: 20억 원
• 2029년 이후: 10억 원

한도는 인별로 연간, 그리고 양도 물건별로 각각 적용됩니다. 부부가 공동으로 소유한 집은 지분비율대로 한도를 나누고, 같은 집을 여러 해에 걸쳐 나눠 팔면 분할양도 비율대로 나눕니다.

이 한도는 거주 요건을 다 채운 사람도 피할 수 없습니다. 공제율이 80%든 뭐든, 공제받는 금액 자체에 뚜껑이 씌워지기 때문입니다.

단계별 시행 — 2027년은 그대로입니다

1년 유예 후 2028년 중간 단계를 거쳐 2029년부터 본격 시행됩니다.

1세대 1주택자 — 10년 기준 최대 80%

다주택자(비조정대상지역) — 15년 기준 최대 30%

공제 한도는 둘에 공통으로 적용됩니다. 2027년에는 한도가 없고, 2028년 20억 원, 2029년 이후 10억 원입니다.

2027년은 현행과 같습니다. 파는 시점을 2027년으로 앞당기면 지금 조건이 유지된다는 뜻입니다.

정부가 내놓은 계산 사례

문답자료에 실린 두 사례입니다. 실제 숫자라 체감이 다릅니다.

사례 ① 오래 가졌지만 짧게 산 집

양도가액 32억 원, 취득가액 12억 원, 10년 보유·2년 거주

2년밖에 살지 않았다는 이유로 세금이 2.36억 원에서 4.05억 원으로, 1.69억 원 늘어납니다.

사례 ② 10년을 살아도 고가주택이면

양도가액 75억 원, 취득가액 25억 원, 10년 보유·10년 거주

여기가 핵심입니다. 공제율은 세 해 모두 80%로 같습니다. 그런데 세금은 3.16억 원에서 13.73억 원으로 4배 넘게 뜁니다. 전부 한도 때문입니다.

거주 요건을 완벽하게 채운 사람도 고가주택이라면 피하지 못한다는 뜻입니다.

두 사례 모두 기본공제 250만 원을 적용한 정부 산출값입니다. 실제 세액은 필요경비, 다른 양도소득, 지방소득세 등에 따라 달라집니다.

2028년만 계산이 유독 복잡합니다

중간 단계인 2028년은 보유공제율과 거주공제율을 각각 구해 더합니다. 표로 옮기면 이렇습니다.

^* 거주 2~3년 구간은 보유기간이 3년 이상인 경우에만 적용됩니다.

• 10년 보유 + 10년 거주 = 20 + 60 = 80%
• 15년 보유 + 5년 거주 = 20 + 30 = 50%

살지 못한 기간을 인정받는 길이 있습니다

거주 중심으로 바뀌면 “사정이 있어서 못 살았는데”라는 경우가 문제가 됩니다. 그래서 부득이한 사유로 비거주한 기간을 거주기간으로 인정하는 규정이 함께 들어갔습니다.

1년 이상 계속 거주하던 집에서 아래 사유로 다른 시·군으로 옮긴 경우, 그 비거주 기간을 최장 3년까지 거주기간으로 쳐줍니다.

이 밖에도 거주기간으로 인정되는 경우가 있습니다.

• 재개발·재건축으로 취득한 신축주택은 공사기간의 1/2을 거주기간으로 인정합니다(관리처분계획 인가일 현재 1년 이상 거주 중이던 주택)
• 주택 수에서 제외되는 특례주택의 보유기간(지방 저가주택, 인구감소지역 주택, 준공 후 미분양주택 등)
• 등록임대주택의 임대기간(연 2%, 최대 30%)

‘기타’ 항목이 열려 있다는 점도 눈여겨볼 만합니다. 정부는 열거된 사유 외에도 거주하지 못한 불가피성이 인정되면 과세관청이 개별 사안별로 검토하겠다고 밝혔습니다.

적용 시기는 양도세 기준 2028년 1월 1일 이후 양도분부터입니다.

반대로, 실거주자에게 늘어나는 혜택

같은 개편 안에 실거주자를 위한 항목도 함께 들어 있습니다.

10년 이상 거주한 1주택의 양도세 기본공제가 연 250만 원 → 2,500만 원으로 열 배가 됩니다. 양도가액 30억 원 이하가 조건이고, 직계비속 등 특수관계인에게 파는 경우는 제외됩니다. 정부 계산 사례로는

• 10년 거주 1주택을 20억 원에 양도(취득 10억 원): 1,280만 원 → 740만 원
• 10년 거주 1주택을 30억 원에 양도(취득 15억 원): 4,750만 원 → 3,900만 원

65세 이상 1주택자가 5년 이상 거주했고 양도일 현재 2년 이상 계속 거주 중인 수도권 집을 특수관계인이 아닌 제3자에게 팔고 비수도권으로 옮기면 2027년 50%(5억 원 한도), 2028년 30%(3억 원 한도)를 감면받습니다. 양도 후 6개월 내 실제 이주해야 하고, 5년 내에 수도권 주택을 다시 사거나 수도권으로 돌아오면 추징됩니다.

다주택자의 조정대상지역 중과는 2027~2028년 한시 완화됩니다.

2년 이상 보유한 주택이 대상입니다. 종부세 부담이 무거워지는 만큼 팔고 나갈 창구를 2년간 열어준 것입니다. 다만 한시 완화 기간에도 장기보유특별공제는 적용되지 않습니다.

지금 확인해 둘 것

1. 내 집의 예상 양도가액이 12억 원을 넘는가. 넘지 않는 1주택자라면 이 개편의 영향은 거의 없습니다.
2. 실제 거주한 기간이 몇 년인가. 보유기간이 아니라 거주기간입니다. 전입신고 이력으로 확인하세요.
3. 거주하지 못한 기간에 부득이한 사유가 있었는가. 전근, 취학, 질병, 부모봉양은 인정 대상입니다.
4. 2027년과 2029년 중 언제 파는 게 유리한가. 2027년은 현행과 같고, 2029년부터 한도 10억 원이 걸립니다.
5. 조정대상지역 다주택자라면 2027~2028년이 중과 완화 구간입니다.

정리

이번 개편은 하나의 변화처럼 보이지만 실제로는 둘이고, 맞는 사람이 다릅니다.

• 공제율 전환은 오래 보유했지만 짧게 거주한 사람을 때립니다
• 한도 신설은 거주를 다 채운 고가주택 보유자를 때립니다

정부가 밝힌 개편 근거도 분명합니다. 2024년에 신고된 고가주택(양도가액 12억 원 초과)의 장기보유특별공제액 약 5.1조 원 가운데 4.6조 원(90%)이 서울 소재 주택에 돌아갔다는 것입니다.

같은 방향으로 움직인 종합부동산세 개편은 종부세 개편, 1주택자 세금은 어디서 갈리나에서 정부 계산과 함께 정리했습니다.

다만 이 모든 것이 아직 정부안입니다. 2029년 본격 시행까지 3년이 남았고, 그 사이 국회에서 공제율이나 한도가 다시 조정될 여지는 충분히 있습니다. 파는 시점을 이 안에 맞춰 서둘러 결정하기보다는, 연말 국회 처리 결과를 확인한 뒤 움직이는 편이 낫습니다.

참고 자료

• 재정경제부 — 「2026년 세제개편안」 발표 (2026.8.3.) — 본문의 계산 사례와 공제율표는 첨부된 문답자료(p.3638, p.4853, p.60~61) 기준
• 재정경제부 — 「2026년 세제개편안」 정부안 확정 (2026.9.1.) — 국무회의 의결 및 수정사항 (장기보유특별공제 개편은 원안 그대로 유지)
• 재정경제부 — 한눈에 보는 정책: 2026년 세제개편안 — 부동산 세제 개편 FAQ
• 국세청 — 양도소득세 장기보유특별공제율 — 현행 공제율 확인
• 국가법령정보센터 — 소득세법 제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액) — 현행 조문
• 국회 의안정보시스템 — 소득세법 개정안의 국회 심사 진행 상황

이 글은 재정경제부의 「2026년 세제개편안」 보도자료(2026.8.3.)와 정부안 확정 보도자료(2026.9.1.)를 바탕으로 정리한 것입니다. 본문의 수치는 국회 통과 전 정부안 기준이며, 정기국회 심사 과정에서 바뀔 수 있습니다. 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 세무 상담을 대신하지 않습니다. 양도 시점 결정처럼 금액이 큰 판단은 반드시 세무 전문가나 국세청 상담(126)을 통해 본인 상황을 확인하세요. (본문 기준일: 2026년 9월 4일)